Niezwykle ciekawa jest plastyczna ekspozycja niecki Bałtyku oraz sala "mokra", w której można nie tylko przyjrzeć się storniom, jesiotrom czy babkom byczym, ale włożyć rękę do wody i dotknąć dłonią ryby. Muzeum posiada także salę kinową, w której odbywają się pokazy filmowe o tematyce morskiej oraz pomieszczenia edukacyjne - Salę Przedszkolną, Eksperymentalną Pracownię Wody oraz Multimedialną Salę Ekologii Morza - wyposażone w nowoczesny sprzęt audiowizualny i laboratoryjny oraz pomoce dydaktyczne dla najmłodszych.