Jest to jedno z ważniejszych muzeów martyrologicznych na ziemiach polskich, obecnie oddział Muzeum Niepodległości. Zlokalizowane jest na terenie twierdzy zbudowanej przez cara Mikołaja I w latach 1832-1834,  po stłumieniu powstania listopadowego. Cytadela obsadzona silnym garnizonem, wyposażona w kilkaset armat, wzmocniona w latach późniejszych systemem 5 fortów oraz przyczółkiem mostowym na Pradze, miała zwiększyć kontrolę władz rosyjskich nad buntowniczą Warszawą. W jednym z budynków, tzw. X Pawilonie powstałym w latach 1826-1828, zostało zlokalizowane centralne więzienie śledcze dla więźniów politycznych.
Według szacunkowych danych przez Cytadelę, w której urzędowała komisja śledcza i sąd wojenny, przewinęło się około 40 tysięcy więźniów - bojowników o wyzwolenie narodowe i przemiany społeczne. Wśród więźniów X Pawilonu były tak wybitne postaci polskiej historii jak Romuald Traugutt, Józef Piłsudski, Roman Dmowski, Gustaw Ehrenberg, ks. Piotr Ściegienny, Stefan Okrzeja i wielu innych. Kilkuset z więzionych stracono w egzekucjach na stokach Cytadeli, tysiące wywieziono na Syberię. X Pawilon jest udostępniony do zwiedzania od 1963 r.